{:en}

BACKGROUND

Dengue study group is established in 1997 focusing on dengue virus (DENV) research and other flaviviruses. This group is operated under the leadership of Prof.Soegeng Soegijanto. Dengue illness is mosquito born disease which has been widespread becoming endemic in Indonesia. Our group aims to gain understanding of dengue illness in molecular level and to develop novel approach to suppress DENV infection. Having many experiences and supported by advanced technology, our group excels in DENV identification and characterization. In addition, to study the DENV vectors, we have been working together with entomology study group.

RESEARCH ACTIVITIES/EXPERIENCES

Several research projects are carried out by dengue study group.

Epidemiology of Dengue

This project focuses on mapping the spread of dengue case in Indonesia. To conduct this particular research dengue study group has been collaborating with many health institutions sxh as hospital and clinics (Puskesmas) all over Indonesia. This search is also part of collaboration projects with Kobe ,university, Japan, which belongs to CRC-ERID programs.

Dengue Antiviral

Apart from epidemiology in CRC-ERID programs we have been also working on research to develop dengue antiviral. In this project we work together with NPMRD study group since this antiviral are plant-based molecules.

Identification of Flaviviruses

Beside dengue as the main focus, this group has worked on identification of other flaviviruses such as west nile, japanese e-cephalitis, yellow fever, and zika virus. During the recently zika outbreak which happened in Brazil and several countries, dengue study group working together with Airlangga hospital has done screening to identify whether zika has come in to Indonesia.

Monitoring System

Dengue study group have recently established a project in making real time monitoring application as a mean of control system to prevent dengue outbreak and as information source of dengue as well as dengue-related issues. This ongoing study is collaboration with IT department of ITD.

Other Activities

In order to share and disseminate our knowledge and understanding to society we regularly held events such as seminar, workshop, and socialization. In addition, we also provide several services including DENV Serotyping, DENV Sequencing, and Identification of other flaviviruses.

OUTPUT

From the projects mentioned several journal articles have been published:

  1. Siti Churrotin et al (2016). Dengue virus type 1 isolated in Indonesia shows a close phylogenetic relationship with the strains that caused the autochthonous dengue outbreak in japan in 2014. Japanese journal of Infectious Diseases. DOI: 10.7883/yoken.JJID.2015.516.
  2. Tomohiro Kotaki et al (2016). Divergence of the dengue virus type 2 cosmopolitan genotype associated with two predominant serotype shifts between 1 and 2 in Surabaya, Indonesia, 2008-2014. Infection, Genetics and Evolution. 37. 88-93. D01:10.10164meegid.2015.11.002.
  3. Teguh Had Sucipto et al (2016). Immunofluorescence assay method to detect dengue virus in Paniai-Papua. AIP Conference Proceedings. 1718. D01:10.1063/1.4943313.
  4. Atsushi Yamanaka et al (2016). Dengue virus infection-enhancing antibody activities against Indonesian strains in inhabitants of central Thailand. Microbes and Infection. 18.227-284.
  5. Soegeng Soegijanto et al (2015). An appropriate diagnosis of dengue virus infection in some cases who had and were being treated in soerya hospital sepanjang-indonesia. Indonesian Journal of Tropical and Infectious Disease. Vol.5.No.6.
  6. Arif Nur Muhammad Ansori et al (2015). Differences of universal and multiplex primer for detection of dengue virus from patients suspected dengue hemorrhagic fever (DHF) in Surabaya. Indonesian Journal of Tropical and Infectious Disease. VoI.5.No.6.
  7. Tamaki Okabayashi (2014). Detection of Cikungunya virus antigen by a novel rapid immunochromatographic test. Journal of Clinical Microbiology. D01:10.1128/1CM.02033-14

{:}{:id}

LATAR BELAKANG
Kelompok studi demam berdarah didirikan pada tahun 1997 dengan fokus pada penelitian virus dengue (DENV) dan flavivirus lainnya. Grup ini dioperasionalkan di bawah kepemimpinan Prof Soegeng Soegijanto. Penyakit Demam Berdarah Dengue merupakan penyakit yang dibawa oleh nyamuk yang telah menyebar luas menjadi endemik di Indonesia. Kelompok kami bertujuan untuk mendapatkan pemahaman tentang penyakit demam berdarah di tingkat molekuler dan untuk mengembangkan pendekatan baru untuk menekan infeksi DENV. Memiliki banyak pengalaman dan didukung oleh teknologi canggih, grup kami unggul dalam identifikasi dan karakterisasi DENV. Selain itu, untuk mempelajari vektor DENV, kami telah bekerja sama dengan kelompok studi entomologi.

KEGIATAN / PENGALAMAN PENELITIAN
Beberapa proyek penelitian dilakukan oleh kelompok studi DBD.

Epidemiologi Dengue
Proyek ini berfokus pada pemetaan penyebaran kasus DBD di Indonesia. Untuk melakukan penelitian khusus ini kelompok studi DBD telah bekerjasama dengan banyak institusi kesehatan sxh seperti Rumah Sakit dan Klinik (Puskesmas) di seluruh Indonesia. Pencarian ini juga merupakan bagian dari proyek kolaborasi dengan Kobe, universitas, Jepang, yang termasuk dalam program CRC-ERID.

Antiviral Dengue
Selain epidemiologi dalam program CRC-ERID, kami juga mengerjakan penelitian untuk mengembangkan antivirus dengue. Dalam proyek ini kami bekerja sama dengan kelompok studi NPMRD karena antivirus ini adalah molekul nabati.

Identifikasi Flavivirus
Selain DBD sebagai fokus utama, kelompok ini juga melakukan identifikasi terhadap flavivirus lain seperti West Nile, Japanese e-cephalitis, Yellow Fever, dan Virus Zika. Pada saat wabah zika yang baru-baru ini terjadi di Brazil dan beberapa negara, kelompok studi DBD bekerja sama dengan RS Airlangga melakukan skrining untuk mengetahui apakah zika masuk ke Indonesia.


Sistem Pemantauan
Kelompok studi DBD baru-baru ini membuat proyek pembuatan aplikasi pemantauan secara real time sebagai sarana sistem pengendalian untuk mencegah wabah DBD dan sebagai sumber informasi DBD serta isu-isu terkait DBD. Studi yang sedang berlangsung ini merupakan kerjasama dengan departemen IT ITD.

Aktifitas lain
Dalam rangka berbagi dan menyebarkan pengetahuan dan pemahaman kami kepada masyarakat, kami secara rutin mengadakan acara-acara seperti seminar, lokakarya, dan sosialisasi. Selain itu, kami juga menyediakan beberapa layanan diantaranya DENV Serotyping, DENV Sequencing, dan Identification of flaviviruses lainnya.

KELUARAN
Dari proyek tersebut disebutkan beberapa artikel jurnal telah diterbitkan:

1.Siti Churrotin dkk (2016). Virus Dengue tipe 1 yang diisolasi di Indonesia menunjukkan hubungan filogenetik yang erat dengan strain penyebab wabah DBD asli di Jepang pada tahun 2014. Jurnal Penyakit Infeksi Jepang. DOI: 10.7883 / yoken.JJID.2015.516.
2.Tomohiro Kotaki dkk (2016). Divergensi genotipe kosmopolitan virus dengue tipe 2 terkait dengan dua pergeseran serotipe dominan antara 1 dan 2 di Surabaya, Indonesia, 2008-2014. Infeksi, Genetika dan Evolusi. 37. 88-93. D01: 10.10164meegid.2015.11.002.
3.Teguh Had Sucipto dkk (2016). Metode uji imunofluoresensi untuk mendeteksi virus dengue di Paniai-Papua. Prosiding Konferensi AIP. 1718. D01: 10.1063 / 1.4943313.
4.Atsushi Yamanaka dkk (2016). Aktivitas antibodi peningkat infeksi virus Dengue melawan strain Indonesia di penduduk Thailand tengah. Mikroba dan Infeksi. 18.227-284.
5.Soegeng Soegijanto dkk (2015). Diagnosis infeksi virus dengue yang tepat pada beberapa kasus yang pernah dan sedang dirawat di RS soerya sepanjang-indonesia. Jurnal Penyakit Tropis dan Infeksi Indonesia. Vol.5.No.6.
6.Arif Nur Muhammad Ansori dkk (2015). Perbedaan primer universal dan multipleks untuk deteksi virus dengue dari pasien suspek demam berdarah dengue (DBD) di Surabaya. Jurnal Penyakit Tropis dan Infeksi Indonesia. VoI.5.No.6.
7.Tamaki Okabayashi (2014). Deteksi antigen virus Cikungunya dengan tes imunokromatografi cepat baru. Jurnal Mikrobiologi Klinik. D01: 10.1128 / 1CM.02033-14

Buku Panduan : Isolasi dan Deteksi Virus Dengue

Buku panduan ini disusun dalam rangka memberikan acuan cara isolasi dan deteksi virus
dengue. Melalui buku ini pembaca akan diberikan penjelasan tentang kultur sel sebagai
media isolasi virus sampai dengan deteksi virus dengue menggunakan teknik biologi
molekuler.

Isi buku ini dibagi menjadi tiga bagian. Bab 1 memberikan pengetahuan dasar kultur sel dan
aplikasinya untuk inokulasi virus dengue. Pada bab ini pembaca diajarkan teknik kultur sel
meliputi passage, freezing, dan thawing sel. pembaca juga dikenalkan dengan cell line yang
digunakan untuk media pertumbuhan virus dengue. Selain itu, pembaca juga ditunjukkan cara
deteksi virus dengue pada sampel dengan metode imunostaining. Bab 2 menjelaskan cara
ekstraksi RNA virus dengue serta persiapan ekstraksi RNA dari sampel nyamuk. Pada bab ini
pembaca dapat mengetahui perbedaan cara ekstraksi virus dengue secara manual
menggunakan trizol dan Kit komersial. Bab 3 memberikan informasi cara deteksi serotype
virus dengue dengan metode PCR. Pada bab ini pembaca diberikan pemahaman dasar tentang
PCR dan perbedaannya dengan Reverse transcription (RT) PCR. Pembaca juga dapat
mengetahui panduan visualisasi hasil PCR mulai dari persiapan sampai penggunaan gel
agarose.

Klik untuk download  -> Isolasi dan Deteksi Virus Dengue.pdf{:}